Por instrucciones del presidente de la República, Andrés Manuel López Obrador, a partir del 19 de febrero Bertha Alcalde Luján es la nueva directora general del Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (Issste), en sustitución de Pedro Zenteno Santaella.
Desde el 16 de septiembre de 2021 fungió como comisionada de Operación Sanitaria de la Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios (Cofepris), donde dirigió la inspección y vigilancia de hospitales, medicamentos e insumos médicos, entre otros.Asimismo, del 16 de noviembre de 2020 al 3 de agosto de 2021 fue delegada federal de Programas para el Desarrollo en Chihuahua, adscrita a la Secretaría de Bienestar, donde coordinó la estrategia de vacunación durante la pandemia.