La administración actual del gobierno de Oaxaca ha presentado 27 denuncias penales por presuntos actos de corrupción, involucrando a funcionarios del pasado gobierno encabezado por Alejandro Murat Hinojosa. Los delitos abarcan desde uso ilícito de atribuciones hasta suplantación de identidad, implicando a organismos estatales como la Secretaría de Movilidad, el Instituto de Capacitación y Productividad para el Trabajo (ICAPET), el Instituto Oaxaqueño Constructor de Infraestructura Física Educativa (LOCIFED), y el Colegio de Estudios Científicos y Tecnológicos del Estado de Oaxaca (CECyTEO).
Entre las entidades señaladas se encuentran los Servicios de Salud de Oaxaca (SSO), la Comisión Estatal Forestal (COESFO), el Colegio de Bachilleres del Estado de Oaxaca (COBAO), y el Instituto de Estudios de Bachillerato de Oaxaca (IEBO). La Secretaría de Honestidad ha llevado a cabo 20 auditorías al gobierno anterior, de las cuales 14 están en curso. Respecto a los procesos penales, se aguarda la decisión judicial para emitir órdenes de aprehensión.